磁共振是一种生物磁自旋成像技术，主要依靠一定强度的磁场，激发物体内部原子自旋轴保持一致，产生自旋脉冲，通过脉冲信号来生成图像，因此磁共振检查对人体的影响可以说是微乎其微。
但由于胎儿器官形成阶段（妊娠前期12周内）对磁共振的噪音和热量极为敏感，可能会造成不良影响，因此原则上是不建议在妊娠期前3个月的孕妇行磁共振检查的。
事实上胎儿在前7个月内仍处于器官形成发育阶段，这个时期是不适宜用磁共振检查的，其显像对比度相当不足，因此在妊娠28周前胎儿检查应优选超声。
胎儿系统超声检查是胎儿期排畸检查的一种重要方法，可以对胎儿的脊柱、头颅、颜面部、心脏、腹部（肝脏、胆囊、肾脏、胃肠道）、肢体等进行系统的检查，明确胎儿在宫腔内是否存在发育异常，对胎儿发育没有明显的不良影响。胎儿系统超声检查一般在怀孕22到28周之间进行，最佳时间在24到27周之间。
而当妊娠期去到28周后，胎儿各个器官都已成型，此时用磁共振检查可有相当好的对比度，且由于28周后胎儿头部骨头钙化，此时超声检查已无法清晰观察胎儿头部病变，若需对胎儿头部进行观察，应优选磁共振。
但同样由于胎儿会一直运动，磁共振较难获取静止且清晰的现象，若非胎儿有中枢神经、泌尿系统、骨头发育异常等问题，一般不需使用磁共振辅助检查，但若胎儿在超声检查中发现异常情况，而超声难以清晰地判断异常产生原因，则有必要行磁共振检查。
