南朝时期的门阀士族仍然是一个特权阶层，但是已经开始走下坡路了。到了这个时候，作为士族代表的高门士族已经严重衰败，比如说颍川庾氏、谯国桓氏、太原王氏在东晋末年的政治斗争中已经基本覆灭，琅琊王氏、陈郡谢氏等高门也人才凋零，失去实权，仅仅成为政治上的点缀品。
门阀士族衰弱的原因首先是在于门阀士族自身的腐朽。
由于士族能够凭借自己的门第就可以升任高级官吏，因此他们越来越不思进取，在政治上不求振作，享受高官厚禄的待遇，而庸碌无能。
在军事上，他们也逐渐抛弃了两晋以来以武功进取的传统，他们现在鄙薄武职，脱离军权，士族掌管军权的人越来越少。
在生活方式上，他们除了奢侈享受之外，更转而形成了矫揉造作的“名士”之风。他们出则乘车马，入则需要他人的服侍，柔弱无骨，完全成了一堆娇生惯养的废物。
在文化方面，他们一贯保持的文化优势到了南朝以后也逐渐丧失。
江南的乔姓士族就此衰落了下去，但是江南的土著士族以及北方的士族还有一定的势力。
南朝的士族面对寒人势力的兴起，既不甘心又无可奈何，于是就更加强调士庶的界限，士庶壁垒森严的现象更加严重。
在婚姻方面，士族与寒人绝不通婚。齐国的士族王源把自己的女儿嫁给寒门满璋之的儿子，就受到了沈约的上书弹劾。
在官员所任的职务方面，士族一般都担任清官，是一种看起来职位很高，但是不常管事的官员。而寒人则掌管机要政务，但是官职比较卑微。
此外为了严格区分士庶等级，这个时候谱学盛行。在东晋南朝时期贾弼之祖孙三代都专精谱学，贾弼之所撰写的《十八州士族谱》有700多卷，被当时的人所看中。
在这个时候，谱学成为专门之学。士族如果不精通谱学便不能到吏部为官，谱学既是吏部选官的依据，也是南朝矫正伪冒士族的庶族寒人之凭依。
南朝的士族如此敏感的强调自己的士族身份，实际上正是他们的心理脆弱、社会地位渐渐衰弱的反映。
