公元前48年，恺撒开始了与庞培争夺罗马东部各省的战争。1月初，恺撒巧妙地避开了庞培的舰队，率领4.2万军队渡过了亚德里亚海，在埃皮尔登陆，并轻而易举地攻下了阿波洛尼亚。但由于庞培的军队在数量上占据了绝对的优势，在随后著名的迪拉基乌姆战役中，庞培连接两次大败恺撒，大大挫伤了恺撒军队的士气。迪拉基乌姆战役后，庞培阵营中的人都认为庞培是稳操胜券了，那些贵族元老们现在考虑的只是自己的前程以及私人之间的嫌怨，至于用什么办法去打赢这场战争，已经不再有人去考虑了。而庞培的权力，也开始受到一些人的质疑。
虽然占有人数上的优势，但庞培知道恺撒的部队经验丰富，因而没有主动进攻恺撒的部队，而是尝试切断恺撒的补给线，想让他们因忍饥挨饿而自动溃败。由于庞培的过分谨慎，他渐渐丧失了战场上的主动权。而这时恺撒却是在全力以赴地准备和庞培决战，他重新恢复了军队的士气，为了对付庞培强大的骑兵，又着重训练自己步兵与骑兵之间的协同作战能力，并安排好了充足的粮食供应。
8月，恺撒的2万步兵和1000名骑兵推进到法萨卢，而庞培在马其顿东南沿海的赫拉克列乌姆同西庇阿会合后，也率5万步兵和7000骑兵赶往埃尼珀斯河畔的法萨卢，扎营于恺撒军营的西面，两军要在法萨卢进行一次最大的也是最后一次的大决战。从两军的军事实力上来说，庞培占有明显的优势，所以他对于这次战役非常乐观，庞培手下的将领们也都赞同庞培的乐观估计。
开战之初，恺撒采取不断转移营寨的办法，使不习惯吃苦的庞培士兵疲于奔命，以求在运动中寻找战机歼灭敌人。8月9日，正当恺撒的军队拆卸帐篷拔营出发之时，庞培的军队一反常态，迅速向恺撒部队逼近。恺撒认为当时的地形有利于自己，便对士兵们说：“我们现在可以停止行军了，让我们全心全意准备好投入战斗吧！”随即带领着军队轻装出阵，冲向庞培军。
也许是对自己军队的作战能力缺乏信心，庞培听取了部下的疲兵之计，他命令自己的士兵原地列阵，想让恺撒的部队奔跑通过两军之间的距离，自己好以逸待劳，但他的这个战术被经验老到的恺撒看穿了，因而恺撒的队伍在半路上就停止了冲锋，他们在那里重整了队形，稍事休息后再重新稳步向庞培的队伍逼近。这时庞培的骑兵发起了冲锋，大量的投石兵和弓箭兵紧随在骑兵的后面，庞培希望用自己占有优势的骑兵一举击溃恺撒。庞培的骑兵成功地击退了恺撒阵中主要由高卢人和日耳曼人组成的轻步兵部队，但是当遇到恺撒由重装步兵组成的第四线部队时，在长矛和标枪的打击下，庞培的骑兵被阻止了。当恺撒为数不多的骑兵和少数部队从侧翼突然出击后，庞培的骑兵溃退了，而那些投石兵和弓箭手则被抛在了战场上来不及撤回，孤立无援地遭到了歼灭。
当庞培的部队一路溃逃时，恺撒认为不应该给这些惊慌失措的敌人以喘息的机会，于是鼓励部下乘胜追击，顺势进攻庞培的营寨。对混乱的战场局面失去了控制的庞培在营中无可奈何地看着激战的场面而无所作为。当恺撒的军队攻到营寨门口时，在亲随的护卫下，庞培从后面匆忙逃了出去。失去了统帅的士兵们因为惊慌和疲劳，许多人连自己的武器和旗帜都丢了，他们这时想的只是逃到哪里去，而不是怎样防守营寨，最后在他们指挥官的带领下，逃到营寨附近的山中去了。恺撒军队占领了庞培的营寨后，随即把那座山岭包围起来，由于山上没有水，庞培的军队失去了信心，只得派使者向恺撒乞求投降，他们中间那些元老贵族们则乘夜逃走了。
据恺撒的《内战记》记载，在法萨卢战役中，恺撒只损失了30名百夫长和不到400名士兵，而庞培却有1.5万人阵亡和2.4万人被俘，经此战后，罗马开始由共和国向帝国转变，而恺撒成了罗马的实际统治者。战败后的庞培逃往埃及，埃及的国王托勒密十三世是在他扶持下上台的，庞培认为托勒密十三世会知恩图报。可是托勒密十三世可不想为了一个失败的庞培而去得罪风头正盛的恺撒，就在庞培乘坐的小船靠岸时，他被埃及人所杀，终年58岁。埃及人割下了庞培首级后，将他的尸体就地掩埋，并在他的墓前立了一块碑，上面刻着：“对于在神庙中这样富丽豪华的人，这是多么可怜的一个坟墓。”
追赶庞培来到埃及的恺撒在那里遇到了被后人称为“埃及艳后”的克丽奥帕特拉，并把她扶上埃及王位。公元前44年，被任命为终生独裁官的恺撒在罗马元老院被一伙阴谋者所杀。
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