7月28日，任天堂在NS上发售了独占游戏作品《异度之刃3》，为玩家带来了两队士兵共六个人的求生与救世的旅程，精彩的故事和更为庞大的世界观为玩家们带来了一个全新的世界。更为注重情感的剧情描写也为玩家们带来了更为出色的剧情。那么该作讲了个什么故事呢？
该作发生时间处于一代和二代之后，在一代主角梅莉娅女王的生日那天，人们等待着庆典。而一群孩子们却看到了时间被停止和两个世界的融合，也看到了毁灭。镜头一转，在无尽的战场上，两方士兵为了生命能量持续死斗，而世界已经接近毁灭。之前长大后的孩子们也在与敌人战斗着，尽管战况不佳，但他们仍然活了下来。
在他们的自述中，科维斯王国的主堡内，女王的控制下一批批生命正在被生产出来。而他们正是其中一员，之后又要经历严格的训练才能成为合格的士兵。而在训练中，约兰对自己拖了后腿感到自责，但其他人却没有责怪他。而他们顶多只有十年的寿命，如没有战死，在最后时刻他们将会迎来成人仪式，经历仪式后会化为虚无。诺亚成为了一名送行者，他的职责就是为死去的战士们送行。
当战斗完成回到殖民地后，接到了新的任务，军务长命令他们去摧毁一个特殊的以太源，但关于其它状况一概不明，只知道敌人安格努斯也会行动。他们的队友蒙巴也即将迎来成人仪式，但他们却回忆到了约兰死去的往事。
在目的地，诺亚等人看到了摧毁的目标由一个未知的势力押送。但他们动手时，果然碰到了安格努斯。安格努斯的士兵与未知势力打了起来，科维斯加入战斗后，三方均只剩几人，诺亚等人跟安格努斯的精英三人势均力敌。为了阻止他们互相伤害，未知势力的大叔制止了他们，但却被未知敌人一炮穿胸。
一个怪物走了出来，并杀害了双方的队友蒙巴等人，优妮也好像想起了什么。而双方联手都打不过这个怪物，大叔忍着剧痛打开了那个神秘装置。神秘装置释放了一股力量，而诺亚跟安格努斯的弥央合为了一体，在意识中看到了对方的记忆，当他们苏醒时，发现自己变成了一个强大的存在，凭着这股力量，击败了敌人。但敌人逃走时，释放了神秘的信号，并称他们六人已经成了世界公敌。
大叔临终前，指出他们眼睛中的火之钟已经被改变，之前的特殊状态是衔尾蛇。并说如果想活下去的话他们必须前往大剑之地的都市，才能避免被称为梅比乌斯的敌人的追杀。而两方对大叔的话却置之脑后，回到了各自的殖民地，却真的遭到了同伴的追杀。
无奈只能回到了之前交战的地点，为了避免死亡，两方六个人只能暂时放下对立，携手前往大剑之地。在休息时，因为合体的事诺亚跟弥央聊了一会。诺亚也想到了幼时的记忆，当年他们被安格诺斯追杀，是一个叫艾赛尔的强大战士救了他们。而在另外一处地方，梅比乌斯们因为衔尾蛇的事商讨了一番，打算让执政官K去解决这事。
而在4号殖民地，艾赛尔来到了这里，她和军务长迎接K的到来，K要他们去解决一队士兵。而诺亚等人为了安全，选了较为危险的路线。在沙漠时，他们终于找到了水源，泰恩发现这个水源的地形是消灭现象形成的。弥央发现诺亚的异刃很奇怪，而这个异刃是他幼时里克给他的，里克说自己的师傅称这把异刃有强大的力量。
在路上，他们再次遭到了同伴的进攻，没想到领队的是艾赛尔。双方发生大战，而在艾赛尔眼中，他们都是怪物。但千钧一发之际，艾赛尔还是克服了眼睛中火之钟的束缚，认出了诺亚。随行的K只能自己动手，而逼迫其它四人也激活了衔尾蛇状态。但K竟然能利用命火之钟吸取士兵的生命能量修复伤势，诺亚想起了自己异刃的能力，摧毁了命火之钟，击杀了K。
解除误会后，艾赛尔带着他们回到了殖民地，他们对执政官居然是梅比乌斯的事很是不解，而两大王国的女王都不约而同的下令让士兵击杀衔尾蛇。泰恩想起了往事，当年他们遭到了科维斯神秘部队的袭击，奈美将他推入河中独自面对敌人。而梅比乌斯这里，一个身材矮小的梅比乌斯打算出手解决衔尾蛇。
在殖民地，军务长跟他们说了艾赛尔的往事，当年她与劲敌神南火生死决斗，因为不愿意乘人之危放过了神南火，也因此自己的等级被上级从白银降为土块。艾赛尔为他们建议了行进路线，虽然海上最近，但风暴却让人无法通过。艾赛尔为他们送行后，诺亚等人再次踏上旅程。
在路上，他们又碰到了另一殖民地军务长鲁迪的攻击，但鲁迪并没有为难他们，反而很合得来。而执政官Q到来，将鲁迪强行带回殖民地，要求他组装好杀人机器雷乌尼斯。鲁迪不愿如此，但被Q发现了他在动手脚后教训了他。诺亚等人赶到后，Q亲自驾驶雷乌尼斯打算攻击他们试验其性能，但被诺亚击败后逃走。
在路上，诺亚等人发现了生物有老化的现象，矮小的梅比乌斯也来到了安格努斯的殖民地，要求军务长石动消灭衔尾蛇，并利用了自己的特殊能力。在一处战场遗迹，优妮居然发现了一个似乎是自己的遗骸，脑中突然闪过自己战死的画面。众人到达矿区后，遭到了泰恩之前碰到的神秘部队的袭击，在黑雾中逃出矿区，但却被石动带人拦住。
尽管经过苦战后，摧毁了命火之钟，但石动却化为了一滩烂泥。身材矮小的梅比乌斯出现，他竟然是已经死去的约兰，这些士兵都是他用本人的情感和泥土所造，但对于诺亚等人的质问，他却没有告诉众人真相。回到殖民地，苏醒的石动了解了事情后，给了泰恩奈美留下的遗物，让泰恩去看看奈美的坟墓。而在另一边，科维斯和安格努斯大战，由于有神南火助阵，科维斯大败。
在一次战斗中，众人发现了衔尾蛇在持续时间上有弱点。在科维斯的主堡，艾赛尔和军务长觐见女王，碰到了一个被称为N的人，他是科维斯的总执政官。而科维斯开发了一种大炮，能瞬间摧毁殖民地，他们打算摧毁的目标，正是科维斯的一处殖民地。而大炮发射的光束也被诺亚等人捕捉到，诺亚猜测王国双方的行动可能都是梅比乌斯刻意引导的。
在经过森林时，遭到了一个陌生殖民地人员的袭击，但对方一战后直接跑路。到了一个陌生的殖民地，发现了之前袭击他们的人，首领是让叶，这个殖民地并不属于任何势力。帮助他们击退了强敌后，诺亚摧毁命火之钟解放了殖民地，之后让叶加入队伍。另外一边，梅比乌斯发现军务长溜走，但没有阻止反而设计利用他。而弥央却想起了同伴美雅为了救她死在烈火中的事，自己的成人仪式也没多久了。
军务长找到了他们，说明了情况，诺亚当即决定前往主堡。而在主堡内，艾赛尔竟然见到了劲敌神南火，而女王居然破天荒地让她与敌人合作，驾驶最新的铁巨神消灭衔尾蛇。而在黄昏之下，诺亚和弥央相互表露心迹，并交换了笛子。在穿过密林后，遇到了艾塞尔和神南火驾驶铁巨神联手堵截。但这二人早已看清梅比乌斯，神南火甚至挖掉了右眼避免被控制。双方最后为了避免被梅比乌斯掌控，互相击杀了对方。诺亚等人悲愤之下，化为衔尾蛇与两名梅比乌斯大战，最终利用衔尾蛇过热的特点逼迫梅比乌斯自爆身亡。
诺亚等人来到了科维斯主堡外围，几位梅比乌斯早就等候多时。他们在制定了战斗计划后，决定摧毁大炮。进入了主堡。但却遭到约兰在内的两名梅比乌斯的阻拦。他们太过强大，因为之前死亡的恐惧也缠绕着优妮，但优妮反而解锁了属于自己的衔尾蛇形态，他们利用这种衔尾蛇形态击败了两名梅比乌斯，并摧毁了大炮。
他们闯入了主堡中心，却发现这个地方居然是士兵的孕育中心，自己就是从这里出生的。并见到了梅比乌斯N和女王，大战后却发现女王是机器人伪装的。但他们发现N上手那把剑的不同，诺亚似乎也与N有什么感应，以至于没法战斗。N的强大让他们落入下风，但此时神秘部队攻入，抢走了一批培养舱，诺亚等人也乘乱逃走。此时另一名梅比乌斯M到来，她与N脱下面罩后，他们的相貌居然与诺亚和弥央一模一样。
他们终于来到了大剑之地的外围，但却被之前的神秘部队拦在这里。不过对方并无恶意，领头人莫妮卡表示不是敌人，并给了他们能屏蔽衔尾蛇追踪的眼罩，让下属莎奈亚带他们去都市。
而在路上莫妮卡告诉他们，他们几个人都是衔尾蛇血脉的继承者。而路上碰到了一些找茬的人，后来得知他们本来是衔尾蛇的候补者，但被诺亚一行人抢走了机会感到不满。在孵化室，他们找到了之前被都市的人抢走的培养舱，莫妮卡告诉他们，诺亚这一类人都是两大王国利用这种方式生产出来的，用于双方厮杀产生生命能量养活梅比乌斯，如果阵亡就会失去记忆在这里重新被生产出来。因为他们出生只会学习战斗，对人类伦理并没有概念。莫妮卡带他们参观了产房等地，让他们了解了人类如何出生和生老病死。
在纪念馆，他们看到了产生衔尾蛇的装置和几座雕像，莫妮卡说这几人是衔尾蛇的始祖，其中两个雕像与诺亚和弥央一模一样，而衔尾蛇的装置是梅莉娅女王创造出来的。为了找到真正的女王，莫妮卡建议他们去找到一个叫冈度的人，她是被安格努斯俘虏并关押在主堡的反抗者。在做好准备工作后，他们驾驶一名诺彭人赛门师父打造的船只前往了小岛上的据点，并在据点的守兵那知道了进入了主堡的方法。
最终他们进入了主堡下方的收容所区域，伪装成了被逮捕的犯人，找到了冈度。尽管冈度一开始并不信任他们，但还是在劝说中放下戒备。给了他们一个物件，告诉他们真的安格努斯女王目前在天空要塞，并告知他们逃走的最佳时机是几天后的演习。在做好计划后，他们等待着那一天的到来，但莎奈亚却跟冈度产生了冲突，似乎早就对冈度不满。
演习之日到来，他们本来按照计划跟冈度等人逃出这里，没想到M和N早就带人等候多时。MN脱下面罩后，漏出了让诺亚弥央等人惊讶的相似面容，同时也知道了之所以情况有变完全是莎奈亚叛变造成的。M释放一束光波后，陆续控制诺亚等人的意识自相残杀。尽管泰恩找到方法克制了M，但N强大的实力瞬间击败了他们，并封印了他们的战斗能力。诺亚等人只能放弃了逃亡，将物件托付给冈度后掩护她逃走，而他们自己则被逮捕。
在监牢中，N告诉诺亚，将为弥央准备盛大的成人仪式，届时弥央将不复存在。尽管诺亚因为无能为力而伤心不已，但弥央却释怀而安慰了他。第二天，成人仪式到来，无法使用武器的诺亚只能眼睁睁的看着弥央在仪式中化为光点，而弥央的眼眸中尽是对诺亚的不舍。当N即将处死诺亚时，诺亚突然想起了很多记忆，那是M与N过去在多个轮回中的经历。为了避免轮回和拯救M，N接受了Z的提议，跟M一起化为了梅比乌斯。
但回过神时，自己并没有死，M阻止了N。当M漏出右眼中衔尾蛇的标记时，众人才知道M是弥央，而昨日的大战中，M与弥央的意识进行了交换，在意识交流中，M将未来托付给了弥央，之后M也随着弥央的身体灰飞烟灭。得知真相的N不能接受现实，失去理智之下与众人大战，因为弥央拥有了M的全部记忆，最终N被击败。但因为莎奈亚的告密，梅比乌斯得知了都市的位置，使用大炮摧毁了都市所在之地，另一名梅比乌斯逃走。
但冈度还是带人赶来，原来弥央与M交换身体后到都市告知了情况。莫妮卡立即下令都市撤走避免了毁灭，莎奈亚知道自己无法逃脱审判开枪自杀。弥央带着诺亚来到了一处地方，这里是上一个都市的所在之地。M和N就是过去的弥央和诺亚，他们都是都市的衔尾蛇，但Z以给予二人永生的梅比乌斯身体为条件，逼迫N摧毁都市，为了拯救M，N摧毁了都市。而二人对于都市的思念和愧疚与主体分离，化为了现在的弥央和诺亚。
冈度将物件还给了弥央，弥央想起来当年是安格努斯女王将物件托付给M的，并告诉M自己沉睡的地点。而根据M的记忆，弥央判断美雅还活着。为了拯救美雅，他们前往梅比乌斯Y控制的殖民地。而Y正在训练他麾下毫无自主意识的士兵，其中死去的几人包括美雅、蒙巴和神南火都赫然在列。
但是到达目的地后，弥央发现复活的这些人都变成了没有记忆和情感的杀人机器，而这些均是Y的研究。但弥央用笛声唤醒了他们的记忆，击败了Y。久别重逢的弥央和美雅诉说了思念，并带着美雅踏上旅程。
他们在天空要塞所在之地，用物件开启了隐藏的天空要塞。找到沉睡的女王后唤醒了她，但早就潜伏已久的两名梅比乌斯偷袭了女王，其中之一正是约兰。梅比乌斯J十分看不起约兰，在诺亚等人的劝说中，约兰也想起了过去的事，最终约兰下定决心帮助诺亚，他似乎又变回了那个纯真的约兰，与梅比乌斯J共同自爆于要塞之下，而女王因为心脏的特殊位置也没被杀死。
女王介绍了自己，原来她正是二代的主角尼娅。尼娅说明了梅比乌斯的由来，当年她与梅莉娅意图将一二代的世界相融合，但交汇时会迎来毁灭。最终她们创造了始源使世界重生，但突然出现的梅比乌斯Z却控制了世界并让世界静止。让世界永远停留在轮回的那一刻避免毁灭。而诺亚手上的剑则是梅莉娅利用始源制造的能斩断一切的剑。尼娅告诉他们，梅莉娅现在被关押在大海中心的始源中，那里正是旋涡肆虐的禁忌之地，但尼娅却不知道能进入那里的方法。
但他们想起来赛门师傅曾经说的要打造一艘能克服旋涡的超级舰船，立即回到了都市。在搜集了相应的始源材料后，赛门果然打造出了舰船。诺亚等人乘坐舰船，在莫妮卡和冈度小队的掩护下，他们冲进了始源。但却遇到了被梅比乌斯洗脑的N，击败他后，弥央悲伤地跟他说了M埋藏在心底未能说出的话语，N幡然悔悟，找回初心，与诺亚合体。解救了梅莉娅后，梅莉娅回到主堡协助他们战斗。
最终决战终于到来，作为梅比乌斯之首的Z封印了诺亚等人的能力，但梅莉娅和尼娅以及都市的援助大大影响了Z，而众人也明白是人类害怕被毁灭的恐惧诞生了梅比乌斯，M和N残存意识的出现也将Z彻底带入了毁灭。一切事了，由于始源的存在两个世界最终完成了真正融合，并未造成毁灭。但时间将倒流，世界将恢复成刚刚融合的模样。诺亚和弥央等六人相互道别，望着对面的三人渐渐远去。尽管他们的记忆也会被重置，但早已设定好的命运注定了他们终将重逢，全剧终。
《异度之刃3》为玩家们带来的是连接一二代的全新故事，通过塑造一个轮回的世界，展现了很多富有特点的人物形象，也在MN、诺亚和弥央的故事中，表达出一种跨越了生死轮回的情感。总体来说，这一代的剧情堪称出色。
