在KOF97结束后，世界已趋于平静，但当年那个拯救世界的三神器传人草薙京却一直不知所踪。直到KOF99大会开始不久，世界各地出现大批克隆人战士，而克隆人的相貌，竟是世人心目中的英雄——草薙京。它们的背后，是阴森庞大的神秘组织——NESTS。
音巢篇中草薙京的主角身份被K取代。草薙京的衣着也发生了变化，取消了头巾状的白色大手帕，上身着白色夹克衫和十字架带花纹的黑色长袖衬衫，下身穿着牛仔裤。这是从NESTS秘密基地中逃脱的时候，慌乱间穿上的一套衣服。
KOF99，为了寻找草薙京的下落，红丸、真吾找到K和马克西马组队参赛。赛场上，他们陆续击败来自世界各地的强敌，最终将举办者古利查力度击败，从他口中得知，“当年陷入昏迷的草薙京被音巢组织秘密带走，并开展了一系列的克隆实验。”
与此同时八神庵也在寻找草薙京的下落，在一个满是克隆京的实验室里，八神庵操纵着愤怒的火焰摧毁着里面一切。趁乱逃出的草薙京知道了音巢组织对自己所做的研究，而且因为长期被抽取血液，自己现在的力量也被大大削弱，甚至连无式都已经无法使出，愤怒的他发誓要扫清音巢组织。
KOF2000，草薙京赶到悬浮在天空中基地，见到了被打败重伤躺在地上的克隆零，得知自己的部分力量被注入到了秘密武器零式加农炮中，京怒斥道：“你这混蛋！”正准备离开时，发现身后有个人正在等他，那人不是别人，正是庵，两人话不投机打了起来。
KOF2001，为了与音巢组织做个了断，草薙京正式复出，联系好友真吾、大门、红丸一起组队参赛。最终伊格尼兹败亡，京与音巢组织的恩怨就此终了。
没有了主角光环，没有了神技无式，自身力量被削弱，这样的草薙京，你还爱吗？【写留言】回复吧！
