州牧只短暂地存在过，在新莽时期它的品秩为两千石，而至于到了东汉末年，由于黄巾起义，才不得不又重设州牧，而开始由九卿出任，此后州牧普遍设置，割据军阀都以州牧自任。刺史不管是西汉还是东汉都是六百石，这是没有变化的。
州刺史设置的背景
秦代的基层政区是县，在少数民族地区的县则称道，县以上设郡，为纯粹的郡县二级制。秦始皇二十六年（前221年）分天下为36郡，加上内史共是37个郡级政区。后来郡数有所增加，一方面是开胡、越之地，扩大疆域，设置新郡；另一方面是将内地一些郡一分为二，因此秦一代总郡数增至49郡（包括内史）。秦县数目没有文献记载，推测总数在1000之内，平均起来，每郡约统20来县，这样的层级和管理幅度都是比较合理的。
西汉一代的变化，郡级政区（郡与国）比秦代大幅度增加。其原因主要有三方面：一是把秦郡划小，或一分为二，或一分为三，譬如把秦内史分成京兆尹、左冯翊、右扶风三部分；二是分割削减王国领域，譬如文帝用众建诸侯的手段把齐国一分为七，景帝把梁国一分为五，武帝又利用推恩法蚕食王国封域，增设新郡；三是汉武帝以后开广三边，扩大疆域，增设20来个新郡。因此西汉末年的郡国总数增至103，共统辖1587个县级政区，平均每个郡国的管理幅度为15个县，也还算适宜。
但是对中央政府而言，直接管理百来个郡，幅度确是太大了，因此汉武帝在郡级政区之上设立了14部，作为监察区。首都周围诸郡由司隶校尉部所辖，其他郡国则分属13个刺史部，每部设刺史1人。按六条规定（六条是：一条，强宗豪右，田宅逾制，以强凌弱，以众暴寡；二条，二千石不奉诏书遵承典制，倍公向私，旁诏守利，侵渔百姓，聚敛为奸；三条，二千石不恤疑狱，风厉杀人，怒则任刑，喜则淫赏，烦扰刻暴，剥截黎元，为百姓所疾，山崩石裂，袄祥讹言；四条，二千石选署不平，荷阿所爱，蔽贤宠顽；五条，二千石子弟悖估荣势，请托所监；六条，两千石违公下比，阿附豪右，通行货赂，割损正令也。）检察地方长官的行为，但不管理地方行政事务。
刘询
刺史的品秩只有六百石，而郡太守的品秩却是二千石，“夫秩卑而令之尊，官小而权之重，此大小相制，内外相维之意也”。这种以小官监察大官的制度行之颇为有效，郡太守大都能克尽厥职，奉公守法，以致汉宣帝发出“与吾共此者，非良二千石乎”的感叹。
州刺史到州牧的变迁
研究古代史的学者多交口称赞西汉的吏治，认为此时中央集权和地方分权的关系处理比较得当，但是这种体制从统治者的角度看来也有它的缺陷。
在地方多事之秋，由于郡境过小，以一都之权力和能力无法进行治理，譬如发生跨郡的农民起义，郡太守即束手无策。因此在郡以上再设置一级政区的需要，一直隐然存在。
西汉的13个刺史部，有11个部是以《禹贡》和《周礼》的九州予以调整后命名，所以通称十三州。西汉末年，州刺史曾两度改称州牧，这是借用《尚书·尧典》十二州牧的旧名，以示尊崇，品秩也升至二千石。但这种做法显然是出于一时的需要，所以出现两度反复：从州牧又回到刺史，再回到州牧。
汉成帝绥和元年（前8年），大司空何武与丞相翟方进共奏：“刺史位下大夫，而临二千石，轻重不相准，失位次之序。”请罢刺史，置州牧。施行不过三年，到哀帝建平二年（前5年）御史大大朱博又奏：“部刺史奉使典州，督察郡国，吏民安宁。”复请罢州牧，置刺史。
王莽
数年后，王莽篡汉，又改刺史为州牧。东汉建武十八年（42年），又更行刺史制度。五十年中两反两复，反映了中央政府决策的举棋不定。而一到东汉初年局势安定之后，复改州牧为刺史，降秩为六百石，回到初始的状态。
由此可见，坚持二级制显然是中央统治者的愿望。东汉大部分时间，州一直是以监察区域的形式存在。
“刺”是监察，“牧”是牧民，性质截然不同，虽然郡国之上确有设置高层政区的需要，但中央政府实不情愿这一局面形成，所以才一再出现反复。最后还是集权的措施占上风，但在反反复复的过程中，刺史的地方官化却越来越显著。
其中最重要的变化有两点：一是刺史每年只须派计吏晋京汇报工作，不必亲自前往述职；二是刺史在地方上已有明确治所，不似过去行部以后即回中央。东汉中叶以后，刺史的职权更加扩大：首先是监察范围由青绶、黑绶扩大到黄绶，换句话说，二百石以上的地方官员全归其所刺；其次是在皇帝的授意下干预地方行政事务；第三是拥有领兵清除寇患的军权。
量变引起质变，百余年中刺史已经一步步地向地方官靠拢，所以到黄巾起义时，刘焉等人以九卿而出任州牧在郡国之上形成新的一层地方行政机构，州部从面成为正式的一级行政区划，就是顺理成章的事了。
直到东汉末年，规模巨大的黄巾起义席卷了整个北部中国，已非一群小小的郡太守所能镇压，朝廷才不得不派中央的高级官员——九卿出任州牧，授与兵权、财权和行政权，以与农民军对抗。
刘宏
中平五年（118年），汉灵帝接受宗室刘焉的建议，派他以太常出任益州牧，黄琬以太仆出任豫州牧，刘虞以宗正出任幽州牧。此后，州牧普遍设置，割据军阀也都以州牧自任，如袁绍的冀州牧、刘表的荆州牧、曹操的兖州牧等等。这样一来，州就自然成了郡以上的一级行政区划，两级制政区于是转化为三级制。
刺史到州牧的历史影响
黄巾起义虽然失败，但彻底动摇了东汉王朝。镇压农民起义军的各地州牧，渐成割据独立之势，东汉王朝最终在军阀混战中覆亡，历史返进了魏晋南北朝长期分裂的时代。
本来汉代郡太守的地位很高，入朝即可为九卿，而刺史至少要当上九年才能升任太守或相。太守不但可自由主持地方政事，支配地方财政，兼治地方军政，而且可以自辟幕僚，有相当大的行政自主权。
但郡一级政区却不会因此而形成割据，原因很简单：幅员太小。幅员小则人口少，财力薄，势单力孤，无有能为。反之，州的区划很大，平均领有七八郡之地，有足够称霸一方的物质基础。东汉末年，袁绍的宾客逢纪就对说：“夫举大事非据一州，无以自立。”所以州一旦成为一级行政区划，就易于造成分裂。
中央集权统治者对此早有预见，因而尽量不让州成为一级政区。但矛盾恰在于，镇压大规模农民起义的时候，又迫切需要有范围较大的政区，这是一个两难的问题。东汉王朝为免于被黄巾起义所推翻，不得不把监察区改为行政区，但此举却又招来割据的局面，亦即所谓“大建尊州之规，竟无一日之治。故焉牧益土，造帝服于岷峨；袁绍取冀，下制书于燕朔；刘表制南，郊天祀地；魏祖据兖，遂构皇业。汉之殄灭，祸原于此”。
东汉最终不免在大行政区各自为政的情况下被颠覆。
