明朝运行机制是内阁和内廷共同为皇帝办事，没有丞相，皇帝亲掌六部，内阁大学士是高级顾问，司礼监太监协助皇帝批红。这种制度的优缺点是很明显的。
优点：皇权集中，皇帝省心
废除了丞相，改用内阁大学士当高级顾问，协助皇帝处理政务，一切都是皇帝说了算，内阁大学士虽然貌似是宰相，但是没有宰相的实权，除非皇帝不想处理政务，或者皇帝太小的时候，内阁大学士才真正有权力。否则就只是高级顾问。没有相权的威胁，皇权集中，皇帝放心。而且还省心，因为内阁大学士有好几位，共同出谋划策，最后批奏折还有司礼监太监秉笔，盖印。皇帝听一听，然后动动嘴说怎么批就行，明朝皇帝最容易偷懒了。要想让国家正常运转，只要用好内阁首辅和司礼监掌印太监这两个人就行。
文渊阁
只要他俩忠心办事，那么就不会乱。内阁也只是提建议，票拟，没有批红和盖印，啥事也办不了。司礼监可以牵制内阁。而司礼监掌印太监权力就是再大，也都是皇帝给的，并且不能掌兵权，皇帝说换人就换人。所以明朝皇帝偷懒的很多。像世宗，神宗，熹宗，都是很会偷懒。但是国家也没有立刻崩盘，还是支撑了好多年，还取得了一些成就。所以说，明朝的这套机制已经挺完善了，专门就是为皇权服务的。
缺点：部阁之争，内阁内斗，宦官擅权
明朝的党争是非常严重的。首先说部阁之争。因为内阁大学士归根结底并不是宰相，六部是由皇帝亲掌的。一开始内阁大学士品阶不高，权力也基本没啥，真的只是顾问，提意见。但是在明仁宗之后，一些六部的尚书兼任内阁大学士入阁，不但参与决策，最终还负责执行，这无疑中抬高了内阁大学士的地位。其实六部和内阁是有矛盾的，因为内阁是为皇帝服务，不直接掌管六部，而六部却受到内阁的制约，因为内阁票拟，皇帝同意了就还是要给六部执行内阁的建议。由此就引发了内阁和六部的不合。内阁名义上没实权，但是却参与高级决策。而六部尚书则未必对这个决策信服。他们在名义上还没有直接从属的关系。所以，关系不和也没办法。
夏言
而内阁内部，为了争夺首辅，斗争也是相当激烈。因为皇帝懒惰，越来越放权，内阁首辅地位则更不一样，基本上内阁首辅会主导政策的实行。所以当上首辅才算是宰相。内阁内部的争斗则会培养自己势力，拉帮结派，讨好皇帝。夏言与严嵩之争，严嵩与徐阶之争，徐阶与高拱之争。高拱与张居正之争，明朝内阁很难消停。内阁互相使绊子，意见不统一，当然对国家不利。
因为司礼监是代行皇权，从权力上讲比内阁首辅要大。一旦皇帝偷懒，不想批奏折，直接把权力给司礼监掌印和秉笔太监，这就导致后来为魏忠贤的专权。虽然宦官不会篡位，但是他们专权后就会结党营私，为自己谋利，安排自己人担任要职，如此一来会使得吏治腐败。
明朝的制度能完美运行的前提是皇帝勤政，只要皇帝老实批奏折，亲自盯着点，就没啥大事。但是明朝偷懒的皇帝太多了，权力下放，任他们自己玩。皇帝又为了平衡各方势力，乐见其内阁争斗，这样不会一家独大。但是最终就导致了一方对另一方的打压，党争害了明朝。
