1593年6月，第一次万历朝鲜战争结束，中日双方开始了漫长的谈判过程。9月，朝鲜国王李昖上表感谢明朝援助，但此时日军仍占据朝鲜南部四道，朝鲜方面对此次议和并不满意。12月，在朝明军除刘綎所部外全部回国。
丰臣秀吉对明朝使团提出的“明日和平条件”包括：远嫁大明公主为日本天皇后；割让朝鲜南部四道给日本；开展明日贸易等七条。使团知道朝廷绝不会认可这些条件，回国后只说日本恭顺，其余只字未提。明神宗和大臣们此时正为立储一事争得不可开交，也未重视和谈。日本使者小西飞长时间滞留朝鲜，直到与和谈负责人小西行长等人伪造了一封丰臣秀吉的降表，才被允许入京。
明朝提出的议和条件包括：日本限期全部撤军回国；封丰臣秀吉为日本王，但不允许日本入贡（既不同意开展明日贸易）；日本盟誓永不侵犯朝鲜。小西飞担心和谈不成，自己和小西行长会受到牵连，一口答应。他不仅隐瞒了丰臣秀吉提出的条件，还煞费苦心的编造了“朝鲜不愿帮助日本代请大明封王，不得已才出兵”这样的谎言。
明朝君臣对此结果大为满意。1595年1月，明神宗派临淮侯李宗城赴日册封。李宗城在釜山得知丰臣秀吉和谈的真正条件，大为震惊，感觉此去可能性命不保，次日便逃跑北返。明朝只得改派使者，9月才到达大阪。丰臣秀吉听到诏书封他为日本国王时，大怒道：“日本王我想当就当，需要你们册封吗？”随即驱逐明朝使臣，惩罚小西行长等人。1596年，丰臣秀吉再次发布动员令，组建八军合计十四万人，于第二年正月进攻朝鲜。第二次万历朝鲜战争爆发。
在朝鲜的请求下，明朝以麻贵为总兵官，先赴汉城统帅南北诸军；杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务；兵部尚书邢玠总督蓟、辽、保定军务，率明军主力随后入朝。
1597年7月，日军兵分两路，向北全面进攻。左路军四万九千人在小西行长的带领下攻克全罗道重镇南原，三千明军除副总兵杨元等数人杀出重围外，全部阵亡。右路军六万五千人在加藤清正的带领下进攻全州，驻守全州的明将陈愚衷弃城而逃（杨元、陈愚衷逃到汉城后被处斩）。日军会合后，又相继攻陷黄石山、金州、公州等汉城屏障，掌握了战场主动权。
与此同时，朝鲜水师被摧毁的消息也传到汉城。第一次战争后，朝鲜名将李舜臣被任命为三道水军统制使，风光无两。日军重启战端后，针对他施行反间计，李舜臣以“欺罔朝廷”、“纵贼不讨”之罪被捕，免死后发配从军。1597年7月，李舜臣的继任者元均率水师主力进攻釜山，在绝影岛附近被日军截击，战败后一路逃窜到巨济岛北岸的狭窄水域漆川梁。元均不顾众将转泊他处的进言，七天后被日本水陆军合围，几乎全军覆没。
面临困境的麻贵为了拖住日军北上的攻势，为明军主力入朝争取时间，决定南下阻击日军。10月17日，副总兵解生率军两千奔赴稷山，与日本第三军先头部队数百人遭遇。日军在火绳枪的掩护下率先发起突袭，明军开始误以为是配合其作战朝鲜军，没有防备之下被日军击退。稳住阵脚后，明军使用大炮轰击，骑兵随后发起冲锋，大破日军。黑田长政率领援军赶到战场后双方罢兵。
解生和黑田长政分别向后方求援。次日拂晓，黑田长政对明军发起攻击。明军援兵二千人在此时赶到，在大炮的掩护下，以骑兵大破黑田长政。日方援兵二万五千人迫近稷山后，明军主动撤退。日军虽然占领了稷山城，但慑于明军战力，未敢继续北上汉城，丧失了战争主动权。稷山之战后，明军主力入朝，总兵力已达五万，日军见此全线退守釜山。
朝鲜水师全军覆没后，李舜臣临危受命，再次出任三道水军统制使。他在南海岸收集残余板屋船十二艘，士兵一百二十余人，以全罗右水营为基地重建水师。日本水军得到消息后，出动舰船三百余艘大举进攻，10月26日，李舜臣布置民船作为疑兵，亲率十二艘战船将敌人诱入狭窄的鸣梁海峡，集火日军指挥舰，击毙日军将领来岛通总。日军军心涣散，顺潮撤退。战后，李舜臣鉴于“水势极险，势亦孤危”，退出这一区域。日军达成了占领朝鲜水师基地的战略目的。
10月，在朝鲜军的配合下，麻贵命令明军分路南下以迷惑日军。12月，到达釜山门户蔚山城下集结。李如梅带领三千骑兵直插日军城外大营，斩杀一千余人，日军被迫退入城内。明军以江浙步兵作为先锋，迅速突破蔚山城墙，把加藤清正的第一军围困在城内高地岛山。
受地形限制，明军大炮难以有效射击，江浙步兵只好顶着火绳枪的射击，结鸳鸯阵艰难仰攻。在付出惨重代价后，突破了日军三层防御中的两层。这时，经略杨镐偏袒辽东系将领，强令江浙步兵退出岛山。等到李如梅带领辽东军开始进攻时，日军已将工事抢修完毕，加上天降大雨，明军丧失了绝佳战机。
1598年1月，日军各部摆脱朝鲜军牵制，乘船赶到，久攻无果的明军决定撤退。杨镐再次指挥失误，仓皇撤军，造成明军混乱溃败，惨重损失。回到汉城后，杨镐向朝廷谎报前线大捷，后被人揭发，罢官听勘。
蔚山之战前，兵部尚书邢玠上书朝廷，“请募兵川、浙，并调蓟、辽、宣、大、山、陕兵及福建、吴凇水兵”。5月，陈璘率两广兵，刘铤率四川兵，邓子龙率浙江、南京兵陆续赶到朝鲜。8月，丰臣秀吉在日本病死，日方封锁消息，命令朝鲜日军争取议和，如议和不成则全线撤退。
9月，明军分兵三路进攻日军。麻贵再次包围加藤清正于蔚山，后被立花宗茂以假营伏兵击败撤退。刘綎进攻驻军顺天的小西行长，日军坚守不战，明军被迫撤退。董一元在泗川围攻岛津义弘，前军都已突入城中，此时火炮阵地却突然发生爆炸，明军顿时大乱，撤出泗川，日军乘机掩杀，董一元所部损失惨重。
10月，丰臣秀吉病死的消息传至朝鲜，日军开始准备撤退。11月11日，小西行长的第二军登船东撤，在光阳湾猫岛附近海面受到中朝水军拦截，只能向泗川、南海方向日军求援。已经撤退的岛津义弘接到小西行长的求援信后，率领第五军主力会合从南海而来的宗义智，合兵万余人，舰船五百艘，向西通过露梁海峡，进入光阳湾。
陈璘获悉日军西进的情报后，立即调整部署，决心在露梁峡以西海域歼灭救援之敌。他自率水师主力为左军，在露梁海北侧埋伏；命李舜臣率朝鲜水师为右军，进泊南侧观音浦，与明军夹击日军；命副总兵邓子龙率三艘巨舰，待日军船队通过海峡后断其归路。
11月19日，日军船队进入联军预伏地。邓子龙率巨舰一马当先冲入敌阵，以虎蹲炮轰击日舰。听见炮响，李舜臣率水师来援，杀进日军侧翼。陈璘赶到后三面夹击日军船队，焚毁其大部分战船。战斗中，年逾七旬的邓子龙带领三百人与日军接舷血战。当他跳上一艘被攻击的朝鲜战船救援时，友军误掷火器将船点燃，邓子龙无路可退，被日军围攻，英勇殉国。李舜臣也在督战时不幸中流弹牺牲，临死前他下令隐瞒死讯, 继续追击日军。
刘綎率军在陆上进攻小西行长，夺取桥寨，陈璘命舰队协同攻击。小西行长残部边战边退，最终在立花宗茂的接应下，从南海岛另一端逃离。岛津义弘见此率残余船只遁入外海。此战，联军烧毁、击沉日军舰船两百余艘，大获全胜。
1599年4月，明军班师回朝，万历帝接受献俘，祭告郊庙。次月，颁《平倭诏》诏告天下。持续了七年之久的万历朝鲜战争，彻底粉碎了日本侵略者侵吞朝鲜，染指中国的侵略企图，稳定了东亚局势。直到乾隆年间，到访中国的朝鲜哲学家、科学家洪大容还称颂大明再造之恩：“万历年间，倭贼大入东国，八道靡烂，神宗皇帝动天下之兵，费天下之财，七年然后定；到今二百年，生民之乐利，皆神皇之赐也。且末年流贼之变，未必不由于此，故我国以为由我而亡，没世哀慕，至于今不已。”
