自成吉思汗驾崩后，后来的历任蒙古统治者除西征外就是加速对东亚文化圈的这些地方的攻打，直到蒙哥驾崩。蒙哥驾崩后，忽必烈和阿里不哥就开始争汗位，最终代表汉族地主势力的忽必烈战胜了代表蒙古族守旧势力的阿里不哥。当忽必烈取得最高统治权并巩固统治后，便加速了对南宋的攻打，到德祐二年（1276年），年轻的宋恭帝和谢太后投降，二月初五，临安皇城里举行了受降仪式，宋恭帝宣布正式退位。三百年的大宋王朝告终，后人有诗讥讽道：“当日陈桥驿里时，欺他寡妇与孤儿。谁知三百余年后，寡妇孤儿亦被欺。”宋恭帝虽然投降，但是抵抗势力依旧存在，直到三年后崖山一战，南宋的抵抗势力才彻底消失。而在崖山，南宋残余势力不是不背水一战，只是打不过蒙古，眼见一点点地被蒙古消灭掉。再有，当时的南宋军队实际指挥者张世杰能战而不能谋，再加上文臣武将勾心斗角，只能看着军队一点点地被逼入绝境。
德祐二年（1276年）正月，益王赵昰与广王赵昺在专人护卫下，历尽艰险经由婺州亡命温州。礼部侍郎陆秀夫听说二王出朝，也追随而去，终于在到温州前追上了二王。闰三月，陆秀夫与此前私自逃到温州的前宰相陈宜中接上了头。
他们得知张世杰因不满朝廷不战而降，率部东至定海，便与他联系，张世杰立即航海南下会合。三人决定建立都元帅府，以益王为天下兵马都元帅，广王为副元帅。恰巧朝廷所派两名宦官带着八名士兵来温州召二王回朝降元，陈宜中他们将来者悉数沉入江中，随即将元帅府迁往福州。
五月一日，陈宜中等拥立益王为帝，此即宋端宗；改元景炎，尊杨淑妃为太后，临朝同听政。封赵昺为卫王。以陈宜中为左相兼都督，右相虚位以待李庭芝，张世杰为枢密副使，陆秀夫为签书枢密院事。流亡小朝廷建立的消息，给正在艰苦抗元的爱国将士以极大鼓舞。
陈宜中
文天祥甚至以为，陈宜中与张世杰“方以李、郭之事为己任”，实在期望过高，他们怎能与李光弼与郭子仪相比。
陈宜中虽不敢明言投降，但心思根本不在抗元上，与陆秀夫略有政见不合，就指使言官弹劾。张世杰目光欠远大，一味主张南逃，只把福建与广东作为小朝廷的落脚地，他部署的收复江西、浙南失地以屏卫闽广的计划不久就成为泡影。但他是主兵的实力派，陈宜中不过表面上出头，大政都专制于他。
文天祥到达行朝，任枢密使与同都督诸路军马，主张积极北上，开府永嘉（今浙江温州）。而张世杰则坚持开府广州，为小朝廷南逃做准备。不久因广州降元，张世杰这才让文天祥开府南剑州（今福建南平），见其一呼百应，唯恐影响在己之上，就借端宗之命，命他将督府远移到汀州（今福建长汀），还百般阻挠他入朝，心胸实在不够大。
陆路元军挥师从浙入闽，水师也从海上向南进逼。十一月中旬，端宗小朝廷只得再次登舟南逃刚出海口，就与元军水师相遇。但当时弥天大雾帮助行朝船队躲过了一劫。船队南下泉州，这里是阿拉伯商人蒲寿庚的势力范围。史称蒲寿庚提举泉州市舶，擅蕃舶利者三十年。
这时，蒲寿庚正在宋、元之间见风使舵。他实际上不愿为行朝提供海舶，表面上出城迎接，请行朝“驻跸”泉州。张世杰不同意，因为这有悖他南下远遁的既定方针。等蒲寿庚回到城内以后，张世杰因船只缺乏，强征了泉州港里浦氏的船只，籍没其财产。蒲寿庚一怒之下，鸠集地方势力，以武力将端宗船队逐出泉州港，次月就以城降元。
无路可退
端宗的海上行朝从泉州经潮州到达惠州，仍感到不安全，在景炎二年（1277年）四月到达官富场（今香港九龙南），决定在这里立足，开始营建行宫。因元军追逼而来，十月，行朝转移秀山（今广东东莞虎门）。但元军随即再下广州，离秀山近在咫尺，行朝只得再度入海，在香山岛（今广东中山）水面遭到元军水师袭击。张世杰部被俘将士颇多，陈宜中率领的数千人与八百艘战舰遇飓风溺死，宜中仅以身免。
陈宜中对这种流亡抗元已彻底灰心丧气，提议行朝移到占城（今越南中南部）去，并借口预作准备就逃之夭夭。国难当头，他已是第二次脱逃了，这是这位“宝祐六君子”领袖留在历史上的最后表现。
张世杰
十二月，张世杰保护行朝船队到井澳（今广东中山南海中），遇上了飓风，船只倾覆，将士溺死，损失达十之四五，端宗也因惊悸而成疾。次年开春，小朝廷走投无路，大臣们也决定前往占城，但最后没有成功，只得暂在碙洲（今雷州半岛东硇洲岛）驻舶。
四月，端宗病崩，群臣都打算散伙，陆秀夫拿出他代拟的《景炎皇帝遗诏》，宣布遗诏命卫王赵昺继承帝位，他正色道：“度宗皇帝一子尚在，将焉置之？古人有以一旅一成中兴者，今百官有司皆具，士卒数万，天若未欲绝宋，此岂不可为国邪？”众人感奋，立赵昺为帝，是为帝昺，改元祥兴。
杨太后继续垂帘听政，张世杰任枢密使，陆秀夫任左相，他还每天亲自书写《大学章句》，为年仅八岁的帝昺讲课。
雷州（治今广东海康）的辖区大体相当于今天的雷州半岛，是碙洲的陆上屏障，对行朝的安全至关重要。五六月间，张世杰遣将与元军展开了雷州争夺战，但最终失败。行朝不得不转移到珠江口海中的崖山（今广东新会南海中），这也是张世杰的决定。
兵败崖山
崖山与其西的汤瓶山对峙如门，阔仅里许，故称崖门，门内形成天然避风港，在他看来，进可乘潮而战，退可据险而守，完全可以建设成一个根据地。于是，一上崖山，他就命兵士造行宫三十间，建军屋三千间，作长期据守的打算。
张弘范
元军下定斩草除根的决心，对南宋小朝廷紧追不舍。祥兴二年（1279年）正月，元朝蒙古汉军都元帅张弘范从潮阳（今属广东）由海路到达崖山，包围了张世杰的部队。几天后，副帅、江西行省参知政事李恒也从广州率战舰一百二十艘入海前来会合。
张弘范包围张世杰的次日，恰是元宵，在双方战舰云集的海面上，当地居民依旧举行了每年一度的海上元夕竞渡，喧闹的鼓乐，与密布的战云形成强烈反差。国家兴亡，生活依旧，老百姓该做什么的还是做什么。
这时，包括官军与民兵，宋军大约还有二十万左右，战舰至少近千艘。而张弘范所率元军是水陆共二万，加上李恒的部队总数估计不会超过三万，战舰大约四百余艘。从崖山之战的绝对兵力对比来看宋军并不处于劣势。
但张世杰其人虽是宿将，却不知兵，这时的心态也有点失常，不是做好打得赢就打，打不赢就走的两手准备，而是孤注一 掷，打算与元军决一胜负。当时有人建议他先据海口说：“北兵以舟师塞海口，则我不能进退，盍先据之！幸而胜，国之福也；不胜，犹可西走。”他不耐烦地说：“频年航海，何时已乎？今须与决胜负。”
张世杰决定不派战舰扼守崖门，却把千余艘战舰背山面海围成方阵，贯以大索，四周围起楼栅，一如城堞模样，帝昺的御船居于方阵之中。放弃入海口的控制权，是一大失误；把千余战船贯以大索，更是大失误。
他在四年前焦山之战中就因为将十船连成一舫，最后被动挨打，大败而归。如今，他不但无视前车之鉴，还把同样错误犯得更大，崖山之战的结局这时已经铁定了。张世杰的战舰方阵准备了半年的干粮，但所需燃料与淡水仍来自崖山，每天派快船前往砍柴与汲水。
赵昺
张弘范一方面派重兵把守崖山上的淡水源，一方面派出小型哨船袭击宋军的运水船。十余天后，宋军淡水供应成了问题，一饮海水则就上吐下泄，战斗力大减，水战优势逐渐丧失。 元军在崖山西山头上架炮射击帝昺的御舰，但御舰张起布帘抵挡炮石，纵受炮击仍岿然不动。张弘范派出满载柴草的小船，点火直冲宋军方阵。但宋军以泥涂舰，外缚长竿顶住火船再用水桶浇灭火苗，使火攻不能得逞。
正式开战前，张弘范让不久前被捕的文天祥写信劝降张世杰，文天祥答道：“吾不能捍父母，乃教人叛父母，可乎？”还把日前所写的《过零丁洋》诗抄录给张弘范。张弘范读到“人生自古谁无死，留取丹心照汗青”,连声称赞“好人好诗”，不再勉强他。
张世杰在元军中的外甥三次奉命前往劝降，回答他的是：“吾知降，生且富贵，但为主死不移耳。”二月六日，乌云密布，阴风怒号，元军兵分四路，从东、南面向崖山发起总攻。张世杰的方阵南北受敌，士兵都疲惫无力战。
战争从黎明进行到黄昏，元军摧毁了宋军七艘战舰，突破了对方的防线。张世杰见水师阵脚大乱，但大索贯联，进退不得，这才下令砍断绳索，率十余战舰护卫杨太后突围。
其时，暮色四合，风雨大作，对面不辨人影。张世杰率帅船杀到外围，见帝昺的座舰被其外围的战舰壅塞阻隔在中间，自己无法接近它，便派小舟前去接应帝昺。陆秀夫惟恐小船是元军假冒，断然拒绝来人将帝昺接走，张世杰只得率领十余战舰，护卫着杨太后，借着退潮的水势，杀出崖门。
陆秀夫背赵昺
陆秀夫见赵昺的座舰已无法突围，便决定殉国。他仗剑将自己妻子儿女驱入海中，然后背起八岁的赵昺，跳入大海。
崖山之战是蒙元消灭南宋的最后一战，流亡近三年的南宋小朝廷终于灭亡。据载，战罢，“浮尸出于海十余万人”。倘若张世杰部署得当，用好这十万兵，流亡小朝廷何至于这么快覆灭呢！明代张溥说：“陈宜中能逃而不能死，陆秀夫能死而不能战”还应加上一句“张世杰能战而不能谋”。由这三个人撑持的行朝，其灭亡只是迟早的事。
杨太后随张世杰突围，听到帝昺的死讯，抚膺痛哭：“我艰关忍死者，正为赵氏祭祀尚有可望尔，今天命至此，夫复何言！”也投水自尽。张世杰收拾残部打算远走占城，但部下不愿背井离乡，只得仍回广东沿海。元军仍紧追不放。五月，张世杰率舰到达海陵港（今广东阳江南海陵岛），飓风突至，船队全部倾覆，他也堕海身亡。
