日本南北朝开始于室町幕府初代将军足利尊氏攻入京都，结束于室町幕府三代将军足利义满。但南朝名将（如楠木正成、新田义贞、北畠显家、“两木一草”）几乎都是室町幕府的初代将军足利尊氏及其下属干掉的，甚至连南朝的开国天皇后醍醐也死在了足利尊氏的前面。
按照常理来说，南朝在短短数年之内几乎失去了所有名将和开国天皇，室町幕府实际掌权的北朝早就应该统一日本了。然而足利尊氏到死都没有能统一日本，还在正平六年（1351年）诡异地一度投降了南朝。那么几乎干掉了所有南朝名将的足利尊氏为什么没有统一日本呢？
与镰仓幕府和江户幕府相比，室町幕府建立的过程相当顺利。足利尊氏在建武二年（1335年）起兵反对后醍醐天皇，到建武三年（1336年）就实际建立室町幕府。但所谓“有得必有失”，室町幕府迅速建立的代价就是足利尊氏对很多地方武士妥协让利，导致地方势力作大。
为了压制作大的地方势力，足利尊一方面将幕府中央大权交给以弟弟足利直义为代表的亲族和以高师直为代表的御内人；另一方面在各令制国任命权力很大的守护，将地方势力吸纳进室町幕府统治体系。结果导致幕府将军权威不高，幕府内部更是派系林立，手中都有兵权。
南朝实力强劲的时候，室町幕府的各派尚能一致对外。但随着南朝名将一个个被幕府军干掉，被外部威胁暂时压制的室町幕府内部矛盾也就开始激化。更要命的是，由于室町幕府的行政和战争是两套系统，导致室町幕府内部出现了“文治派”与“武断派”，将矛盾激化为内斗。
于是室町幕府的内斗越来越严重，甚至发展到公开武装冲突的程度，足利尊氏不得不暂缓对南朝的征伐。观应元年（1350年），室町幕府的内部矛盾全面爆发，这就是“副将军”足利直义发动的“观应之乱”。为了平定“观应之乱”，北朝建立者足利尊氏甚至在名义上归顺了南朝。
“观应之乱”沉重打击了室町幕府，导致足利尊氏无力再征伐南朝。而名将尽失的南朝也无力征伐北朝，南北双方进入相对缓和的战略对峙。室町幕府此后将主要精力用于整顿内部，直到三代将军足利义满继位后才全面重启了对南朝的征伐，最后完成了日本的统一。
