洪武十五年(1382 年)，朱元璋设置锦衣卫。初始职能为三项:其一，守卫值宿;其二，侦察与逮捕;其三，典诏狱。此三项职能在一段的时期内并未设立供其稳定实施的制度。
洪武二十年(1387 年)，朱元璋认为锦衣卫有滥用职权，依势作宠之态，便此时至洪武二十六年(1393年)将内外刑狱从锦衣卫职责中废除，交由法司处理。
明初，" 胡蓝之狱" 、" 郭恒案" 、"空印案" 多有锦衣旗校奉命活跃其间。
此期锦衣卫的职权有所扩大。一些在朝廷中由宪司负责的事项逐步由锦衣卫处理。镇抚司右卫的下属独立于锦衣卫，权力扩大，可直接向皇帝上奏。
正德初期，太监刘瑾操握政权，将心腹布于朝廷各要位上，锦衣卫指挥使石义文也常对刘瑾阿谀奉承。随着刘瑾权势的进一步扩大，锦衣卫不得不依附于东厂，厂卫格局形势发生变化。 在由钱宁治理卫事时，锦衣卫权势再一次上升。
明世宗嘉靖时期是锦衣卫权力鼎盛时期。此期的锦衣卫权力呈逐步上升趋势，待陆炳执掌卫政之时，锦衣卫权力达到顶峰，卫权甚至超越厂权，东厂亦为之低头俯首。
史书上对隆庆、万历时期的锦衣卫人事变迁少有记载。以万历时期为例:万历初期，朱希孝为锦衣卫指挥使。其对权力的行使可谓规规矩矩，不扩大事态，严格遵守规矩，对事物的处理比较谨慎。万历十年，刘守为锦衣卫都督，其与东厂狼狈为奸，作威作福，虽对锦衣卫的发展产生不利的影响，造成了锦衣卫与东厂互利互惠、相互合作的局面。万历后期，神宗久久不理朝政，此时非法羁押、长期监禁的情形普遍存在。此时锦衣卫权力不及东厂之势。
锦衣卫权力低于东厂，沦为其附庸。自万历年间，明朝的社会矛盾逐渐加深，朝廷分崩离析，大臣们结党自拥，大太监魏忠贤权倾内外。熹宗初期，刘侨为锦衣卫镇抚司指挥，因为人正直，"不肯献媚，不肯杀人" ，遵纪守法，魏忠贤便借势将其削官免职。随后，田尔耕投靠魏忠贤，甘愿做其义子。其为人"阴险狡诈"，又因其"缉捕有功"升为锦衣卫都督。
崇祯初期，朱由检虽已拨乱反正，但社会矛盾一时并未消除。此期由董琨治理锦衣卫之事，此人急功近利，不久便被罢免。随后由吴孟明掌管锦衣卫，此人虽公正，但为不阿，行事时总观望东厂之态。崇祯末期，骆养性掌管锦衣卫。
由于锦衣卫是由皇帝直接管辖，朝中的其他官员根本无法对他们干扰，因而使得锦衣卫可以处理牵扯朝廷官员的大案，并直接呈送皇帝。所以，朝中官员多畏惧锦衣卫。但是，锦衣卫的刑讯范围只针对官员士大夫，所以一般不会审讯以及捉拿普通百姓。普通的百姓刑、民事案件只通过正常的司法进行处理。
洪武时期，因为锦衣卫有非法凌辱、虐待囚犯的行为，朱元璋下诏焚毁锦衣卫刑具，废除了他们的这项职能。明成祖朱棣登基之后，恢复了锦衣卫的所有权力，并有所加强。他设置了北镇抚司，专立"诏狱"，可以直接逮捕和拷问犯人，刑部、大理寺、都察院这些司法机关无权过问。明宪宗成化年间又增铸了北镇抚司印信，一切刑狱专呈皇帝，毋须通过指挥使转达，使锦衣卫北镇抚司成为皇帝直辖的司法机构，权力达到极致。
负责侦查、缉捕的锦衣卫官校称为"缇骑"。由于权力缺乏限制，他们为了邀功请赏而罗织罪名，不择手段地扩大牵连范围，制造的冤假错案不胜枚举。
另外，锦衣卫拥有特权，无形中令他们可胡作非为、贪赃枉法而又得到了皇帝的"屏障"保护，造成了社会的混乱不堪。所以说，明之亡于厂卫，是间接引起明朝灭亡的原因之一。
